Die schweizerische Unternehmensbesteuerung (juristische Personen) erfährt durch die USR III eine tiefgreifende Veränderung. Obschon die Vorlage in erster Linie auf sogenannte Statusgesellschaften, multinationale Unternehmen und Gesellschaften mit internationalen Verhältnissen zielt, werden die Auswirkungen schlussendlich alle juristischen Personen betreffen.

Auslöser der URS III war der internationale Druck (EU, OECD), welcher verlangt, dass die sogenannten schädlichen Steuerpraktiken abgeschafft werden. Als schädliche Steuerpraxis werden von der OECD und EU vor allem die privilegierte und somit sehr tiefe Besteuerung von Statusgesellschaften wie Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften bezeichnet. Diese Gesellschaften üben selbst keine oder nur eine sehr unbedeutende Geschäftstätigkeit aus. Sie beschränken sich vorwiegend auf das Verwalten von Beteiligungen an anderen Firmen. Die Besteuerung dieser Unternehmen fällt sehr bescheiden aus oder entfällt für im Ausland erwirtschaftete Gewinne weitgehend oder vollständig. Mit der USR III verändert der Bund die Rahmengesetzgebung, schränkt im Bereich der Unternehmensbesteuerung die gesetzliche Hoheit der Kantone massiv ein und reduziert diese praktisch auf die Festlegung der Steuertarife.

Steuerausfälle von circa 60 Millionen für Bern, Biel, Thun und Köniz
Die vier bernischen Städte sind der Ansicht, dass zu viele Einzelmassnahmen die Akzeptanz gefährden und die Vorlage im Allgemeinen überladen ist. Die URS III ist auf jene Massnahmen zu beschränken, die dem Ziel der internationalen Akzeptanz und dem Erhalt von angemessenen Rahmenbedingungen für hochmobile Gesellschaften dienen. Gemäss der Vernehmlassungsvorlage kämen alle Unternehmen, auch die ordentlich besteuerten Gesellschaften, in den Genuss von steuerlichen Entlastungen, was in erster Linie bei den Werkstandorten massive Steuerausfälle auslösen würde. Gemäss einer Modellrechnung der städtischen Steuerkonferenz Schweiz hätte die Reform für die Stadt Bern Steuerausfälle von circa 35 Millionen Franken, für die Stadt Biel circa 15 Millionen Franken, für die Stadt Thun circa 5,2 Millionen Franken und für die Stadt Köniz circa 4,5 Millionen Franken zur Folge. Steuerausfälle in einem solchen Umfang wären für die vier bernischen Städte nicht verkraftbar.

Dagegen betragen die derzeit vorgeschlagenen Ausgleichsmassnahmen des Bundes für den Kanton Bern 72,9 Millionen Franken. Dies ohne den Kanton zu verpflichten, den Gemeinden einen Anteil weiterzugeben. Die Städte Bern, Biel, Thun und Köniz fordern vom Bund, dass die zur Kompensation der Steuerausfälle vorgesehenen Mittel deutlich erhöht und die Steuerausfälle der Gemeinden ausgeglichen werden. Im Bundesgesetz ist zudem zu verankern, dass die Gemeinden anteilsmässig an den Kompensationszahlungen zu beteiligen sind. Für den Kanton Bern bedeutet dies, dass den Gemeinden ein Drittel der Kompensationsbeiträge zustehen soll.