Der Stadtpräsident repräsentiert die Stadt nach innen und aussen. Das Generalsekretariat unterstützt ihn in der Leitung der Direktion und koordiniert die Tätigkeit der verschiedenen Abteilungen.

Die Fachstelle für die Gleichstellung von Frau und Mann setzt sich inner- und ausserhalb der Stadtverwaltung für die Chancengleichheit und die Gleichstellung von Frau und Mann ein. Die Abteilung Aussenbeziehungen und Statistik pflegt die Aussenbeziehungen, ist zuständig für das politische Controlling und führt statistische Erhebungen und Auswertungen durch. Kultur Stadt Bern (früher Abteilung Kulturelles) erarbeitet kulturpolitische Grundlagen und fördert das zeitgenössische Kulturschaffen.

Während die Denkmalpflege schützenswerte Bauten, Anlagen und Interieurs zu erhalten sucht, unterstützt das Wirtschaftsamt die Erhaltung bestehender und die Schaffung neuer Arbeitsplätze sowie die Promotion des Wirtschaftsstandorts Region Bern. Das Stadtplanungsamt  erarbeitet die Grundlagen für die räumlich-bauliche und grünplanerische Entwicklung der Stadt. Hochbau Stadt Bern ist das Kompetenzzentrum für die Planung und Projektabwicklung von öffentlichen Hochbauten in hoher architektonisch-städtebaulicher Qualität und für Wettbewerbe.